农作物生物灾害综合治理教育部重点实验室依托南京农业大学植物保护学院（江苏省南京市），2010年获批准立项建设，2011年开始运行，2014年底通过验收批准挂牌运行，2021年教育部考核优秀。实验室的研究领域为基础科学领域，研究类别为应用基础研究，属植物保护学科。

本实验室的总体目标是解决我国农作物生物灾害综合治理中的重大科学问题为目标，结合植物保护学科发展的前沿开展原创性研究，为农作物重大生物灾害的可持续控制提供理论和技术支撑。实验室主要有三个研究方向，分别是1. 生物互作与有害生物防控新策略；2. 有害生物抗药性与绿色农药创制；3. 有害生物灾变预警与综合治理。 

实验室现任主任为王源超教授，学术委员会主任为郑小波教授，现任副主任为董莎萌教授、实验室专职秘书为牛冬冬教授。实验室现有各类固定人员72人，其中教授43人、副教授20人，固定研究人员中90％具有博士学位，90％具有国外1年以上的工作经历。目前有国家973项目首席专家1名，教育部长江学者3名，国家杰出青年基金获得者4名，国家优秀青年基金获得者3名，中组部拔尖人才入选者2名，海外人才计划入选者2名，教育部新（跨）世纪人才8名，10多人在国内学术团体中担任重要职务，2人在国际学术团体中任职。